O Museu de Arte Sacra dos Jesuítas foi criado aproximadamente em 1948, quando a Fundação Maria Auxiliadora ficou encarregada da administração do complexo arquitetônico jesuíta, que engloba a Igreja de Nossa Senhora do Rosário e a Residência Anexa. O museu foi incorporado ao complexo após as reformas de restauro realizadas pelo IPHAN entre 1939 e 1940, porém seu funcionamento, entre as décadas de 1970 e 1980, ocorreu de forma restrita aos visitantes.
Com a dissolução da Fundação Maria Auxiliadora, em 1986, a administração do prédio foi entregue à Companhia de Jesus, e o museu passou a funcionar de forma ampla a partir de 2004. Seu acervo é composto tanto pelo mobiliário integrado à edificação — como a capela-mor, as duas capelas colaterais e o púlpito localizado na nave — quanto pelas obras que compõem seu acervo imaginário.

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