O padre jesuíta Belchior de Pontes construiu uma nova edificação para a igreja após o casal Fernão Dias e Catarina Camacho doar suas terras à Companhia de Jesus, em 1624. A nova construção, seguindo os padrões barrocos da comunidade jesuíta, foi concebida a partir de uma edificação principal à qual se agregava o pátio, além da previsão de uma residência para os padres.
O modelo “igreja e casa” foi aplicado, no qual a igreja apresenta nave principal e sacristia. O convento foi erguido pelo sucessor de Belchior, o padre Domingos Machado, aproximando os espaços de moradia e educação jesuíta. O complexo é tombado como patrimônio histórico e cultural nacional, tendo passado por obras de restauro entre 1939 e 1940. Atualmente, a construção abriga o Museu de Arte Sacra dos Jesuítas.

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