Erguida a construção primitiva do convento e da igreja em 1612 e 1613, o local foi tomado durante a ocupação holandesa, sofrendo transformações a fim de se tornar uma fortaleza, denominada Forte Ernestus ou “Fortaleza do Convento”. A estrutura foi posteriormente ampliada e reparada com a expulsão dos holandeses e o retorno dos frades.
Em estilo barroco, a Igreja de Santo Antônio passou por reformas em 1753 e 1770, que lhe conferiram o traçado atual. Sua fachada segue um enquadramento triangular e é composta por um pórtico com cinco arcos de pedra lavrada; sua única torre encontra-se recuada em relação ao plano da fachada, promovendo um desvio diagonal na composição — efeito caracteristicamente barroco.
A Igreja de Santo Antônio é revestida de azulejos, possui janelas sineiras de vergas retas e um relógio alemão no lado norte, enquanto, na lateral esquerda, observa-se uma grande arcada com gradil em ferro que separa a Igreja Conventual da Capela Dourada. O claustro do convento é cercado por um corredor em arcadas apoiadas sobre colunas de pedra. As paredes são revestidas por painéis de azulejos portugueses, de meados do século XIX, que retratam passagens do livro bíblico do Gênesis.

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